Sacha et ses amis font la connaissance d'Éric, le responsable de la résidence pour Pokémon. Nos héros visitent les lieux et sortent leurs Pokémon qui s'amuser avec tout les Pokémon du jardin. Sacha s'éloigne et rencontre deux Genesect dont un est rouge. Sacha et le Genesect chromatique ayant la capacité de parler comme les humains font connaissance et Sacha monte sur le dos de Genesect pour faire un petit tour. Tout en haut d'un immeuble, on voit Mewtwo avec un flashblack de son passé.

Pendant ce temps, Genesect apprend qu'il est le fruit d'une expérience créée par la Team Plasma et qu'il existe quatre autres Genesect. Il devient fou et détruit toute la ville. Le Genesect rouge attaque nos héros, mais Mewtwo les protége. Plus tard, Mewtwo affirme que les Pokémon créées ne sont là que pour détruire. Puis Mewtwo affronte les Genesect.  Plus tard, au Centre Pokémon, avec l'infirmière Joëlle et Éric, le Pokégroupe se demande comment ils vont pouvoir aider Genesect. L'infirmière Joëlle parle d'une fleur aquatique du nom de Oltass qui poussait dans l'habitat naturel des Genesect, mais ne se trouvant plus à l'état sauvage.  Sacha, Iris, Rachid et Mewtwo partent à la recherche de l'Oltasse.

Ils apprennent que les Genesect vivent avec d'autres Pokémon dans une espèce de ville cocon. Le Genesect rouge découvre qu'il y a des intrus et les attaque, puis Sacha affronte le Genesect, mais perd. Les quatre Genesect se mettent du coté des héros et affrontent leur chef. Mewtwo arrive et dévoile sa nouvelle forme, devenant ainsi plus rapide que le Genesect rouge.